No século 17, o padre jesuíta Cristovão Ferreira (Liam Neesan) foi ao Japão fazer catequese e divulgar o catolicismo. Mas Ferreira desapareceu sem que se soubesse exatamente o que teria acontecido com ele. Então dois outros jesuítas Sebastião Rodrigues (Andrew Garfield) e Francisco Garupe (Adam Driver), decidem viajar para o Japão para descobrir o que tinha ocorrido. Esse é o enredo do filme
Silêncio.
A viagem a uma região estranha é penosa, além da necessidade da adaptação a outra língua e a outros costumes. Os dois jesuítas encontram uma comunidade escondida para fugir da perseguição das autoridades que não queriam o ingresso de religião em seu país. O filme mostra a credulidade das pessoas em confronto com os conflitos íntimos dos padres diante da crueldade e sofrimentos a que eram submetidos os seguidores do catolicismo.
O padre Rodrigues se debatia diante das imposições do inquisidor Inoue-sama (Issey Ogata) e da sensação de estar na posição de mártir. O filme apresenta uma visão figurativa sobre os acontecimentos que levaram Jesus a julgamento, com traições e julgamento marcado pela falta de justiça; no entanto, fica longe dos verdadeiros ensinamentos de Jesus e sua missão de restabelecer o saber da naturalidade das leis que regem a vida e a evolução dos seres humanos. Ferreira estava bem vivo e no íntimo havia compreendido que sua crença estava longe de explicar a vida e seu significado espiritual.
Assim como naquela época, atualmente as pessoas permanecem sabendo pouco sobre o significado da vida e a razão de estarem encarnadas neste planeta. O jovem Jesus, nascido judeu, trouxe um complemento ao que se sabia sobre a vida, mas seus ensinamentos foram parar em Roma como algo apartado da história espiritual da humanidade. Como tantas obras, o filme Silêncio confunde a amplitude dos ensinamentos e a missão de Jesus, até hoje pouco compreendidos devido aos dogmas surgidos posteriormente e desvinculados da naturalidade. A humanidade colhe o que semeia.